استدعاه الرهبان لإدارة الدير بعد عزل السوادي إذ كان مرضيًّا عليه من جميعهم . ولما ارتقى البابا يوساب الثاني عرش البطريركية جعل الدير تحت نظارة وإشراف الأنبا إيساك مطران كرسى الفيوم، ثم عاد بعد ستة أشهر فأقال البهجورى من منصبه متهما إياه بالتبذير وسوء الإدارة وتنيح في 9 فبراير سنة 1960 م .